Никос Казандзакис е роден на 18 февруари 1883 г. в Мегалокастро (днешен Ираклион, о.Крит) в Османската империя, в семейството на Михалис Казандзакис, фермер и търговец на фураж, и съпругата му Мария. След едно от поредните критски въстания семейството му бяга в Пирея, където намира убежище за шест месеца. На шест години Казандзакис е принуден да води живот на бежанец. Писателят е отгледан сред селяни и въпреки че съвсем млад напуска Крит, в своите произведения той често се връща към бащината си земя. Посещава Францисканското училище на Свещения кръст в Нахос, където учи френски и италиански. След възстановяването на мира през 1899 г. Казандзакис се връща в родния си град и завършва гимназия в Ираклион (1899 – 1902). През есента на 1902 г. заминава за Атина, където се записва да следва право. Учи четири години в Атинския университет. През 1906 г. завършва и става доктор по право. Същата година излиза и първата му книга „Змия и лилия“.