Харпър Ли е родена и израства в Монровил, по време на Голямата депресия. Сред предците ѝ е генерал Робърт Лий, победеният командир на армията на Юга в американската Гражданска война. Като дете е близка приятелка със съученика си и съсед Труман Капоти. Още от 7-годишна възраст Ли се опитва да пише.
След като завършва държавното училище в Алабама, Харпър Ли тръгва по стъпките на баща си, местен адвокат, и се записва да учи право. Напуска юридическия факултет на 29 г. и отива в Ню Йорк, за да започне писателска кариера.
В Ню Йорк се издържа като чиновничка в самолетна компания. Ли пише няколко разказа преди да се захване с „Да убиеш присмехулник“. Тя преработва повече от две години романа, въпреки че е одобрен от един издател. На 34 г. Ли публикува романа. Издателството не възлага много надежди на книгата, но творбата веднага постига невероятен успех. През 1961 г. писателката е удостоена с наградата Пулицър В следващата година по книгата ѝ е направен едноименен филм, с участието на Грегъри Пек.
На 5 ноември 2007 г. Харпър Ли е наградена с „Президентски медал на свободата“ за приноса си към литературата.